MacbookからUbuntuにssh接続したところ、homeフォルダが文字化けして使いづらいことに気がつきました。
日本語環境としてUbuntuをインストールするとhomeディレクトリに作成されるフォルダが日本語になっています。
これは以下のコマンドで修正可能です。
LANG=C xdg-user-dirs-gtk-update
既に日本語フォルダ内にファイルやフォルダが作成されていた場合は、そのまま日本語フォルダがバックアップとして残るようです。
そのような場合はフォルダを空にしてから実行するか、あとで中身を移動して削除すると言った対応が必要になります。
改めてMacbookからsshアクセスしたところ、これで問題なくフォルダが識別できるようになりました。